John Yoshio Naka nació el 16 de agosto de 1914 en Brighton, Colorado, siendo sus padres Kakichi y Yukino Naka, ambos issei. Pasó su infancia en los campos de su padre en Fort Lupton, Colorado. A los ocho años, John y su familia se mudaron a Japón para cuidar de su abuelo. Fue su abuelo quien lo introdujo en arte del bonsai.

En 1935, a los 21 años, John regresó a Colorado para trabajar en el campo de su hermano mayor. Allí conoció a Alice, con quien se casó y tuvo tres hijos varones. Finalizada la Segunda Guerra Mundial, él y su familia se mudaron a Los Ángeles, en donde inmediatamente se dedicó a enseñar el arte del bonsai a la comunidad japonesa-americana. Eventualmente formaría un club de bonsai, el cual se transformó más tarde en la Sociedad de Bonsai de California. Dictó clases de bonsai en ingles, y extendió el arte del bonsai más allá de la comunidad japonesa-americana. John viajó por todo California dando clases a devotos entusiastas del bonsai. Sus clases y conferencias eran muy solicitadas por todo Estados Unidos, e incluso Canadá, Australia, Sudamérica y Europa. El trabajo de John contribuyó en gran medida en la transmisión del arte del bonsai en el mundo occidental.

La popularidad de sus clases de bonsai le permitió dictar clases en diversos países del mundo. John también escribió dos libros, Técnicas del Bonsai, y Técnicas del Bonsai II, los cuales fueron publicados en varios idiomas. Recibió numerosos premios, incluyendo la Quinta Clase de la Orden del Sol Naciente en 1985 por parte del emperador del gobierno de Japón; y el Premio de la Asociación Patrimonio Nacional del Fondo Nacional de las Artes en 1992. El Pabellón John Naka del Museo Nacional del Bonsai y el Penjing lleva dicho nombre en su honor.

Falleció el 19 de mayo de 2004. (4 de octubre de 2006)